Nội dung chủ yếu về quản lý nhà nước đối với hợp tác xã gồm có:

- Xây dựng, tổ chức thực hiện chiến lược, kế hoạch, chương trình, đề án phát triển tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã trên quy mô cả nước và từng ngành, lĩnh vực, vùng và địa phương.

- Xây dựng, ban hành, tuyên truyền, phổ biến, hướng dẫn, tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, các cơ chế chính sách, giải pháp liên quan đến phát triển tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã.

- Thanh tra, kiểm tra việc thực hiện pháp luật đối với tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã; xử lý các hành vi vi phạm pháp luật theo quy định của pháp luật.

- Hợp tác quốc tế về phát triển tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã.

- Xây dựng, quản lý và vận hành Hệ thống thông tin quốc gia về hợp tác xã.